Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Hà Tĩnh, trực thuộc Sở Y tế, được thành lập trên cơ sở tổ chức lại các đơn vị thuộc lĩnh vực y tế dự phòng tuyến tỉnh, bao gồm: Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh; Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS; Trung tâm Phòng, chống Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng; Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản; Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe và Trung tâm Da liễu.