Được thành lập ngày 20/7/1967(tiền thân là Phòng chẩn trị Đông y, sau này còn có tên là Phân viện Đông y Hà Tĩnh, với 30 giường bệnh và 30 cán bộ. Ra đời trong hoàn cảnh chiến tranh ác liệt, cơ sở vật chất thiếu thốn, phải sơ tán về nhiều địa điểm, nhưng đơn vị lại đảm nhận nhiệm vụ cực kỳ nặng nề khi vừa phải điều trị, chăm sóc sức khỏe nhân dân, vừa đón nhận, chăm sóc thương binh, bệnh binh từ các chiến trường chuyển đến. Đến năm 2000, đơn vị đổi tên thành Bệnh viện YHCT Hà Tĩnh với quy mô 150 giường bệnh.

Làm theo những lời răn dạy của Đại danh y Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác, lấy việc nghiên cứu khoa học nhằm tìm những phương pháp điều trị và phương thuốc hữu hiệu nhất giúp bệnh nhân bớt đau đớn và mau chóng lành bệnh. Bệnh viện YHCT đã chú trọng phát triển nhiều đề tài nghiên cứu khoa học, đặc biệt năm 1997, bệnh viện có đề tài cấp tỉnh được Bộ Y tế cấp phép lưu hành đưa vào danh mục thuốc thiết yếu và hiện đang được các bệnh viện trong toàn quốc đưa vào sử dụng có hiệu quả về bài thuốc “Hoàn xích hương” điều trị U phì đại lành tính tuyến tiền liệt, do Thầy thuốc nhân dân, bác sỹ CKII Trần Xuân Dâng, Phó giám đốc Sở Y tế nghiên cứu thành công. Năm 2017 bệnh viện có đề tài cấp tỉnh về “Hoàn thiện bài thuốc nam hạ áp trong điều trị tăng huyết áp”, bài thuốc này đang được sử dụng tại bệnh viện để điều trị cho bệnh nhân tăng huyết áp. Năm 2017, đơn vị còn thực hiện đánh giá tác dụng lâm sàng đối với đề tài cấp tỉnh “Điều trị táo bón bằng bài thuốc nam nhuận tràng” được Sở Khoa học & công nghệ Hà Tĩnh đánh giá đạt yêu cầu. Năm 2018, bệnh viện đề xuất đề tài cấp tỉnh về bài thuốc “Điều trị tăng men gan bằng bài thuốc nam Giải độc gan”.

Trong những năm qua, bên cạnh việc sử dụng hiệu quả nhiều bài thuốc hay để chữa bệnh, bệnh viện luôn chú trọng đến công tác đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn cho cán bộđáp ứng yêu cầu KCB. Năm 2018, bệnh viện đã đào tạo chuyên ngành Phục hồi chức năng; phối hợp Bệnh viện Châm cứu Trung ương về đào tạo liên tục chuyên đề bệnh lý cột sống; cử nhiều cán bộ đi học theo yêu cầu nhiệm vụ được giao. Hiện bệnh viện đang cử 06 bác sỹ và 01 cử nhân Điều dưỡng đi học sau đại học.

Phương châm của Bệnh viện là hiện đại hoá gắn với bản chất truyền thống của YHCT trong chẩn đoán, điều trị. Hiện tại, Bệnh viện đang sử dụng nhiều trang thiết bị tiến tiến, hiện đại chăm sóc sức khỏe nhân dân như: máy Xquang kỹ thuật số, siêu âm màu 4D, máy sắc thuốc đóng gói tự động, sắc thuốc cách thủy, máy sản xuất viên hoàn mềm. Hệ thống phục hồi chức năng như: máy điện xung, dòng điện một chiều, điện phân, siêu âm điều trị, sóng ngắn, điện từ trường, laser nội mạch, laser châm, máy kéo giãn cột sống tự động, máy xông thuốc...

Về y thuật, đại danh y Hải Thượng Lãn Ông luôn cho rằng muốn làm thầy thuốc giỏi phải học tập không ngừng. Thực hiện lời dạy đó, thời gian qua bệnh viện đã điều trị có hiệu quả cho nhiều bệnh khó như: liệt nửa người do tai biến mạch máu não, xuất huyết não, nhồi máu não, di chứng chấn thương sọ não, bại não, thoát vị đĩa đệm, lệch cột sống, suy tim, cơn đau thắt ngực, mổ trĩ bằng phương pháp khâu triệt mạch máu trĩ dưới hướng dẫn của siêu âm doppler... Bên cạnh đó, bệnh viện cũng đã áp dụng nhiều kỹ thuật cao của y học cổ truyền vào điều trị như cấy chỉ, điện mãng châm... đạt kết quả cao trong điều trị đã tạo niềm tin cho người bệnh khi đến KCB tại đây.

Đến nay bệnh viện YHCTcó gần 600 cán bộ với 267 giường bệnh thực kê. Năm 2018, tổng số lượt khám chữa bệnh(KCB) là 9.885 người; tăng 2% so với năm 2017; tổng số bệnh nhân điều trị nội trú 5.366, tăng 4,2%; công suất sử dụng giường bệnh đạt 130,6%. Bệnh viện không những trở thành địa chỉ tin cậy cho nhân dân trong tỉnh mà còn thu hút bệnh nhân từ các tỉnh Nghệ An, Quảng bình và một số bệnh nhân đến từ nước Lào... đến điều trị y học cổ truyền. Qua phiếu khảo sát của đoàn công tác Sở Y tế có trên 99% số người bệnh được khảo sát hài lòng về chất lượng phục vụ và KCB tại đây.

Thời gian tới, đội ngũ, y bác sỹ bệnh viện YHCT tiếp tục giữ gìn, kế thừa và phát triển hơn nữa vốn y học cổ truyền hàng nghìn năm của dân tộc trong trị bệnh, cứu người. Đồng thời kết hợp chặt chẽ giữa YHCT và y học hiện đại trong KCB. Cùng với đó thường xuyên học tập và rèn luyện về y đức, trình độ chuyên môn kỹ thuật, ngày càng xứng đáng với niềm tin của người bệnh.

Với những đóng góp xuất sắc, Bệnh viện YHCT Hà Tĩnh vinh dự được đón nhận nhiều phần thưởng cao quý của Đảng và nhà nước như: Huân chương lao động hạng nhất, hạng nhì, hạng ba; cờ thi đua xuất sắc của Bộ Y tế và của UBND tỉnh; nhiều tập thể cá nhân được Thủ tướng Chính phủ, Bộ Y tế và UBND tỉnh tặng bằng khen, nhất là được nhân dân tỉnh nhà ghi nhận.