1. Lãnh đạo Trung tâm: Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc. 

a) Giám đốc là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Y tế và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm.

b) Phó Giám đốc là người được Giám đốc phân công phụ trách một hoặc một số lĩnh vực công tác; chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công.

2. Các Phòng chức năng:

a) Phòng Tổ chức - Hành chính;

b) Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;

c) Phòng Tài chính - Kế toán;

d) Phòng Truyền thông, giáo dục sức khỏe.

3. Các Khoa chuyên môn:

a) Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm;

b) Khoa Phòng, chống HIV/AIDS;

c) Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm;

d) Khoa Dinh dưỡng;

đ) Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học - Bệnh nghề nghiệp;

e) Khoa Sức khỏe sinh sản;

g) Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng;

h) Khoa Kiểm dịch y tế quốc tế;

i)  Khoa Dược - Vật tư y tế;

k) Khoa Cận lâm sàng;

l)  Phòng khám đa khoa (thực hiện khi có đủ điều kiện theo quy định của pháp luật về khám bệnh, chữa bệnh).

Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc, Trưởng phòng, Trưởng khoa, Phó Trưởng phòng, Phó Trưởng khoa của Trung tâm thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp của Ủy ban nhân dân tỉnh.

4. Số người làm việc của Trung tâm: Thực hiện theo Đề án vị trí việc làm được cấp có thẩm quyền phê duyệt và nằm trong tổng biên chế, số lượng người làm việc của Sở Y tế được Ủy ban nhân dân tỉnh giao, phê duyệt hàng năm.